La prépublication jette le doute sur l’étude qui sous-tend le microbiome

NEW YORK – En janvier, Micronoma, une startup basée à San Diego, en Californie, cofondée par Rob Knight, professeur à l'Université de Californie à San Diego, et son ancien étudiant diplômé Greg Sepich-Poore, a obtenu la désignation de dispositif révolutionnaire de la Food and Drug Administration des États-Unis pour son test OncobiotaLung. , un test basé sur le microbiome sanguin pour la détection du cancer du poumon.

À l'époque, la société, qui prétendait être la première à utiliser la technologie de biopsie liquide basée sur le microbiome, avait déclaré que « [l]es travaux qui ont conduit à la désignation de ce dispositif révolutionnaire sont basés sur les découvertes des cofondateurs de Micronoma, publiées dans la revue scientifique. revues Nature et Cell."

Cependant, l'étude Nature, publiée en 2020, contiendrait désormais des « erreurs majeures d'analyse des données », à la suite desquelles ses conclusions devraient être considérées comme « invalides », selon une étude préliminaire publiée lundi sur BioRxiv par des chercheurs de l'Université d'East Anglia au Royaume-Uni et l'Université Johns Hopkins.

Knight a rejeté les critiques, affirmant que les résultats de son équipe sont solides et reproductibles.

Il reste à voir quel impact la controverse en cours pourrait avoir sur le développement commercial de tests de diagnostic basés sur le microbiome du cancer, comme celui de Micronoma. La société a refusé de répondre aux questions de GenomeWeb concernant les préoccupations soulevées par la prépublication, déclarant que « [la] fenêtre pour pouvoir répondre à ces questions est fermée ».

Il n’est pas non plus clair si la critique pourrait compromettre l’approbation réglementaire d’OncobiotaLung, qui, grâce à sa désignation de dispositif révolutionnaire, a droit à un examen et une évaluation accélérés par la FDA. Un porte-parole de la FDA a déclaré que l'agence "n'est pas en mesure de discuter des demandes en attente".

L'étude en question

Publiée en 2020 par Knight, Sepich-Poore et leurs collaborateurs, l'étude Nature en question a présenté des preuves de signatures microbiennes répandues spécifiques au cancer, basées sur les données de séquençage de l'ADN de plus de 18 000 échantillons de plus de 10 000 patients de l'Atlas du génome du cancer ( TCGA), couvrant 33 types de cancer.

En entraînant des algorithmes d'apprentissage automatique, l'équipe de Knight a en outre démontré qu'elle pouvait différencier les types de tumeurs en fonction de leur composition microbienne avec une grande précision.

"Au début, j'étais très heureux lorsque l'article de Rob Knight a été publié", a déclaré Abraham Gihawi, chercheur postdoctoral à l'Université d'East Anglia, qui est le premier auteur de l'étude pré-imprimée. "Cela ressemblait à une excellente preuve de concept."

"Ensuite, vous réalisez : 'Oh, mon Dieu, ce n'est pas nécessairement exactement ce qu'il prétend être'", a-t-il ajouté. Les préoccupations initiales de Gihawi comprenaient la contamination des séquences humaines, la gestion des effets de lots, les classifications faussement positives et les limites des approches d'apprentissage automatique. Il les a publiées dans une prépublication antérieure publiée sur BioRxiv en janvier de cette année.

Cette prépublication a rapidement rencontré ce que Knight a appelé une « réfutation approfondie », que son équipe a publiée dans une prépublication publiée en février.

De plus, Knight a soutenu qu'un article de Cell de 2022 qu'il a co-écrit, qui utilisait des méthodes mises à jour, parvenait « aux mêmes conclusions selon lesquelles les microbes sont spécifiques au type de cancer ».

Deux "erreurs majeures"

Après la publication de la prépublication de janvier de Gihawi, l'un des chercheurs qui l'a contacté était Steven Salzberg, biologiste informatique à l'Université Johns Hopkins, qui est devenu collaborateur et auteur correspondant de la prépublication de cette semaine.

"[Steven] a toujours soupçonné que quelque chose n'allait pas dans les données également, mais il n'a pas pu mettre le doigt dessus", a déclaré Gihawi. "Alors nous avons commencé à travailler ensemble."

Les deux ont examiné plus en détail l'étude Nature 2020, et leur nouvelle prépublication, qui s'appuie sur l'analyse précédente de Gihawi, affirme qu'il y avait deux « erreurs majeures » dans l'article original de Knight. "Chacun de ces problèmes invalide les résultats", ont soutenu les chercheurs, "ce qui conduit à la conclusion que les classificateurs basés sur le microbiome pour identifier le cancer présentés dans l'étude sont totalement faux".